O Curso não possui nenhum laboratório próprio, porém os alunos têm acesso a todos os laboratórios da UFOP, especialmente os laboratórios dos Cursos de Pós-Graduação em Engenharia Ambiental (mestrado e doutorado), Biomas Tropicais (mestrado) e Evolução Crustal e Conservação de Recursos Naturais (mestrado e doutorado). Além disso, os alunos que mantêm vínculo empregatício com empresas e órgãos ou instituições públicas dispõem da infraestrutura laboratórios, plantas piloto e industriais, base de dados e informações e acervo bibliográfico e documental disponível em seus locais de trabalho para desenvolver pesquisas experimentais, quando for o caso. A cada ano, na Universidade Federal de Ouro Preto, surgem novos laboratórios a fim de atender toda a demanda da crescente Pós-Graduação desta instituição, que hoje conta com 38 cursos de Pós.
Especificamente para a turma em parceria com a UNESCO-HidroEX, há a disponibilidade de diversos laboratórios na instituição em questão, nas áreas de Gestão Sustentável dos Recursos Hídricos, Centro de Ciências Florestais, Núcleo de Referência e Inovação em Irrigação e Recursos Hídricos e, ainda, Agroecologia.
Os laboratórios, desta maneira, têm atendido bem aos projetos desenvolvidos pelos alunos matriculados e professores.
Segue abaixo uma relação dos principais laboratórios:
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Laboratório de BioHidrometalurgia e Tratamento de Efluentes
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Laboratório de Biologia e Tecnologia de Microorganismos
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Laboratório de Biotecnologia Ambiental
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Laboratório de Caracterização Molecular e Espectrometria de Massas
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Laboratório de Controle Ambiental
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Laboratório de Hidráulica Aplicada
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Laboratório de Produção de Adsorventes
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Laboratório de Química Orgânica e Ambiental
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Laboratório de Resíduos Sólidos Industriais e Efluentes Líquidos
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Laboratório de Saneamento Ambiental
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Laboratório de Síntese e Caracterização de Materiais